Программа включает в себя три модуля:Физика плазмы, электроника больших мощностей и лазерная физика — направлен на подготовку специалистов для лабораторий Отделения физики плазмы и электроники больших мощностей и Отделения нелинейной динамики и оптики Института прикладной физики РАНФизика конденсированного состояния вещества — ориентирован на подготовку специалистов для лабораторий Института физики микроструктур РАН, филиала Института прикладной физики РАН Геофизика — новый модуль магистратуры ВШОПФ, ориентирован на подготовку специалистов для лабораторий Отделения геофизических исследований и Центра гидроакустики Института прикладной физики РАН.
Фундаментальное направление подготовки физиков для работы в сфере высоких технологий и наноиндустрии. Выпускники специальности — ученые-теоретики — работают в научно-исследовательских организациях. Их основная задача — изучение физических явлений, проведение практических экспериментов, анализ и обобщение полученных данных.